Výstava Kliment Čermák a ti druzí

Vedle pedagogické činnosti se Čermák celý život věnoval archeologii. Pod hlavičkou Včely Čáslavské, jíž byl od roku 1877 jednatelem a od roku 1881 starostou, prováděl první výzkumy v regionu. Zprávy o nich uveřejňoval v Památkách archeologických a dalších odborných časopisech. Za jeho působení vzrostl počet sbírkových předmětů natolik, že bylo třeba řešit otázku jejich uložení a především vystavení. K Čermákovým nejvýznamnějším výzkumům patří výzkum čáslavského Hrádku, který prováděl od roku 1883-87 s finanční podporou c. k. centrální výzkumné komise ve Vídni. Několik let se také zabýval Drobovicemi. Poslední velký výzkum prováděl při rekonstrukci kostela sv. Petra a Pavla v letech 1909-11.

Celý život, pokud mu to zdraví dovolovalo, Čermák podnikal cesty za bližšími i vzdálenějšími cíli. Jako člen Včely Čáslavské se Čermák  vedle praxe snažil rozvíjet i teorii muzejní práce. Jako první použil termín “muzeologie“. Nálezy mincí a správa muzejní sbírky, která vznikla již v roce 1864 při zakládání spolku, kdy členové Včely věnovali množství mincí, přivedly Čermáka k zájmu o numismatiku. Ve Věstníku uveřejňoval příspěvky nejen o budování sbírky, ale i o péči o ni, například Jak čistíme mince. Je autorem třísvazkové monografie Mince království českého za panování rodu Habsburského, která vycházela v sešitech od roku 1891 do roku 1913. Jako spoluautor se na ní podílel Bedřich Skrbek, zapálený numismatik-amatér z Pardubic. Od roku 1875 byl pověřen vedením městské kroniky.

Celý život psal povídky určené hlavně mládeži, v níž se snažil probudit zájem o minulost. Také se jí snažil vštípit zásady, jak se k památkám minulosti chovat. V roce 1888 vyšla první knížka těchto povídek s názvem Z časů dávných. Čermák psal i populárně naučné knihy pro dospělé čtenáře, například Pravěk lidstva evropského – doba kamene nebo Vývoj nejobyčejnějších nástrojů.